Au Moyen Âge, alors même que la science médicale occidentale se perdait dans une longue période d’obscurantisme, les sociétés musulmanes répandirent l’emploi de cette plante apte à remplacer l’alcool interdit par les préceptes coraniques et, surtout, riche de nombreuses vertus thérapeutiques. Le cannabis suit dès lors les invasions arabes, gagnant l’Afrique du Nord, puis l’Espagne, la France et les pays péri-méditerranéens. Il se répand dans les pays de la Corne d’Afrique au XIII^e siècle, d’où probablement dans les pays d’Afrique noire. Les témoignages de cette période, lacunaires, sont à plus d’un titre édifiants car ils permettent de mieux saisir l’importance portée plus tard au lien supposé entre le haschisch et la perpétration de crimes sanguinaires.

Cette période préfigure aussi les aspects plus modernes concernant le regard porté sur le chanvre.

L’Inquisition espagnole voit dans le cannabis une herbe diabolique, mais les mesures répressives envisagées ne réduisent guère son utilisation. L’Église tout entière proscrira le chanvre dès le XII^e siècle, sans succès, ayant peut-être constaté que les pratiques de sorcellerie voyaient mélanger cannabis, jusquiame, et autres plantes hallucinogènes. Au XIV^e siècle, l’émir Soudoumi Scheikhoumi essaiera également en vain d’interdire l’utiliation du chanvre en Égypte.

Le cannabis, parfaitement représenté dans les planches de l’herbier Ortus sanitatis de herbis et plantis (1517), sera décrit scientifiquement par le Portugais Garcia da Orta en 1563. Au début du XVI^e siècle, Rabelais évoque la plante dans son Tiers-Livre sous la dénomination fantaisiste de Pantagruélion. Il en recommande l’usage pour soigner plaies et brûlures, pour faire céder les douleurs spastiques, les crampes et les rhumatismes. Il permet aux hommes, précise-t-il, « non seulement de se joindre par-delà les mers, mais aussi de tenter l’escalade des cieux », allusion aux cordages en chanvre ou aux propriétés psychotropes.